金针菇黑斑病是由假单胞菌引起的细菌性病害。发病后菌盖出现褐色或深褐色椭圆形斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。

防治该病最重要的措施是控制温湿度。对菇房洒水时，不能将水洒到金针菇子实体上，特别是不能用冷水喷洒。菇房内的湿度不能长时间高于90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期室内气温控制在17℃。发病后及时摘除病菇，并喷洒农用硫酸链霉素或三氯异氰尿酸溶液防治。