农村税费改革是党中央、国务院在农业发展新形势下为加强农业基础、保护农民利益、维护农村稳定而采取的一项重大改革，是继土地改革、联产承包责任制改革以后，农村的又一次重大改革。农业税收的制度设计及农民税负的轻重直接影响农民群众收入水平的高低，进而影响农业经济的发展和农村社会的进步。因此，客观分析农村税费改革的经济效应，正确评价税费改革的影响，对于进一步深化农村税费改革，加快农业税收制度创新步伐，切实减轻农民负担，巩固县乡财政制度基础，不仅特别重要，而且十分迫切。
一、农村税费改革的正面效应
从改革试点情况来看，农村税费改革确实取得了明显成效，主要表现在：
1、减轻了农民负担。据测算因农村税费改革全国财政至少减收290多亿元。安徽省税改当年，全省农民负担的农业税及其附加、农业特产税及其附加，同口径比，由原来的49亿元减少到40亿元。农民人均负担由原来的99元降低到81元，负担减轻17.6％，再加上取消屠宰税和向农民的教育集资，减负幅度达25.6%。以山东临沂为例，2002年河东区人均减负30—40元，减负率为29.9%；费县人均减负37.28元，减负率24.69%；莒南县人均减负44元，减负率为26.3％。以上数字反映的是制度内减负，如果计算制度外减负，减负幅度更大。如费县制度外总负担减少4326万元，人均减负50元，减负率为30.65%。尤其是中央决定在今、明两年时间内取消农业特产税以后，农民的税收负担将会进一步下降。
2、规范了农村税负，易于征收和管理。在税费改革过程中，各村逐一、严格核准计税面积，分类、合理确定常年产量，认真落实农业税减免政策，并且全部张榜公布，使农民感到公平、踏实；同时以税收的方式规范农民税负，具有严肃性和固定性，使得乡村组织不再可以随意征收费用；很多地方建起了农税征收大厅，农民定时、定点、统一缴纳税收，将税款直接交给财政人员，开给正式税票，杜绝了以往的弊端，农民感到放心。农民负担的明显减轻及税收征收方式的根本转变，使农民依法纳税的意识和纳税的积极性明显高涨，农业税的征收出现了“超额、快速、主动”的可喜形势。同时税费改革完善了财政收入法律保障机制，乡村两级组织收入的法律保障初步形成。
二、农村税费改革的负面效应
1、导致新的农业税负不均。一是在同一地区内随着人费向地税的转化，人多田少、非农业收入高的农户，农民的人均负担低；而在人少田多、以农业收入为主要来源的农户，农民的人均负担则偏高，出现种地越多的农户上缴税收越多的现象；二是形成地区差异，人均耕地多的乡、村、组（主要是边远山区）税负重，人均耕地少的乡、村、组（主要是城镇及郊区）税负轻的不公平现象，出现“耕地多税负重农民不愿种，耕地少税负少基层组织转不了”的新矛盾。随着农村土地与人口呈反向变化的加剧，单纯以土地面积为计税依据导致不同从业农民负担农业税不公平的矛盾将会更突出；三是不负担或少负担农业税的那些农民却一样可享受用农业税供养的基层组织和用农业税投资发展的教育、道路、文化卫生等公益事业带来的一切好处，这种不公平违背了权利与义务对等的原则。
2、乡镇政府收入增长乏力，农村公共品供给不足。农村税费改革后，虽然采取了一些措施用以增加乡村可用财力，如加大转移支付力度，新增农业税全部留给乡镇等，但从近期总体情况看乡村财力明显减少，尤其是一些经济不发达，财政收入主要依赖于农业税收的地区，税费的改革、调整，势必引起财政收支缺口，难以实现平衡，并且在一定时期内，这些乡镇财政也难以实现有效增长。财政收入的减少将导致农村公共品提供不足：
首先，乡镇政府的正常运转无法维持。税费改革后乡镇每年财政收入的绝大部分都用于教师工资的发放，在人口多、义务教育压力大的乡镇更是如此。除去教师工资以外的财政收入不足以足额发放行政人员工资，因此在基层出现了行政人员档案工资与实际工资不吻合的现象。税费改革给农民减负带来美好希望的同时，却叫基层干部忧心忡忡。而问题的复杂性还在于基层干部既是利益的牺牲者，又是改革的具体操作者。这种双重身份随时都可能诱使基层干部把利益的重心由农民移向自己，或使农民负担名减实增，或前期减后期增。而且从税费改革开始，基层干部就开始为改革给自己利益造成的损失而担心，更为可能在由税费改革引发的机构改革中被分流下岗而忧虑。长此以往，势必影响基层工作人员的工作积极性，影响乡镇政府的正常运转，影响政策的执行及农村的稳定和发展。
其次，影响义务教育的资金投入。据国务院发展研究中心的一项调查，目前中国九年义务教育的经费投入中，78％由乡镇负担，中央财政负担仅约2%。税费改革前的教育投入靠的是向农民收费。农村停止教育集资后，乡镇财政开支的百分之七、八十用于教育，而且仅仅用于教育支出中的教师工资，像危房改造、教育设施投入等根本无力顾及。农村中小学基本建设投资不足，将直接影响到农村劳动者和未来劳动者的素质和技能的提高。
再次，导致农村公益事业的发展停滞。长期以来农村公益事业建设资金来源于农民的各种提留，而现在“两工”取消，一事一议限额控制，农田水利基本建设不仅难以获得农民议事通过，同时也很难组织落实，其他一些如修路、架桥、卫生及文化事业建设因资金短缺而难以顺利推进。由于财政收入被教师工资、行政人员工资等分配后，基本无剩余，所以农村社会救济、社会优抚、计划生育补助等项目无法贯彻，严重影响农村的稳定和发展。
3、乡镇债务无法偿还。前些年贷款兴办的很多乡镇企业及各种集体项目，最终却无盈利，致使偿债责任落到乡镇政府和村委会头上形成债务；农村基金会的取消又使乡镇被上沉重的债务，另外还有修建道路等债款使乡镇债务负担沉重。据统计，全国1999年底平均每个村债务为21万元。税费改革取消了“三提五统”，原先由“村提留”解决的村级债务缺乏还款来源，而由“乡统筹”承担的债务，现大部分转化为乡镇财政承担，在乡财力减少的情况下，也无力偿还。在这些债务中特别是欠农户的借款和合作基金会股金等，如不及时偿还，农民就有可能以债抵税，使部分农业税收入落空，从而影响乡财政收支平衡。形成恶性循环，最终会阻碍税费改革的顺利进行，甚至会影响农村社会稳定。
三、消除负面影响的配套措施
1、建立和完善政府间转移支付制度。当前地方基层政府的收入问题已成为农村税费改革的最大阻碍。不容否认解决这个问题的根本要靠农村经济的发展、工业经济的发展及政府机构改革，但是“冰冻三尺非一日之寒”，“远水解不了近渴”，当务之急是要建立和完善政府间转移支付制度，这对农村税费改革的进一步推广意义最大。同时转移支付也不是一种权宜之计，它有长期存在的理论依据。其中一个最重要的理由是外部性的存在。地方政府提供的某些公共产品具有很大的正外部性，如果没有相应的补偿，这些产品的供给就会陷入不足的境地。正外部性的存在需要矫正，由上级政府进行转移支付，平衡这类公共产品成本的分摊，调整当地居民税费支付和受益享用间的偏差是较适合的方式。另外转移支付还可以调节地区间发展的不平衡，实现地区间的均等化。因此，在税费改革的同时要规范中央、省、市、县转移支付制度，加大对乡镇财政转移支付力度，因乡镇财政是整个财政的基础，在体制调整过程中，财力分配应适度向乡镇财政倾斜，完善乡镇公共财政收入体系，以从根本上解决农村公共开支财力不足的问题，达到全面规范农村公共分配关系的目的。
2、建立地方公共财政体制。首先转变地方政府职能。现行分税制财政体制不完善，具有财权与事权不对称，各级财政自求平衡的特点，财税包干体制痕迹较重。各级政府出于自身利益的考虑，尽可能上收财权下放事权，其结果导致位于最底层的乡镇政府一级财权和事权不匹配，财政收入来源极其有限，支出范围却越来越广。加上现行财税体制中财政转移支付制度不完善，规模很小且不规范，纵向转移支付功能很弱，使乡镇政府承担的公共需求超出其经济承受能力。要改变这种状况，就要在分清市、县、乡各级政府的事权，明确划定各级财政的支出范围的基础上，科学确定分税范围和共享税分成比例，真正做到按税种划分收入，并适当扩大地方政府的税权，包括地方税种的调整权和开征权，积极发展改革地方税的主体税种，使中央和地方的税种划分更趋合理。
3、改革农村公共品供给制度。长期以来，农村公共产品的供给，主要是通过乡村两级组织自我积累、自我投资建立起来的。这就决定了农村公共产品的增加是缓慢提升的。这种投资主体单一化，增长速度缓慢化的状况难以适应农业经济市场化的发展，难以满足农民日益增长的需要，从而不利于农业经济的竞争力，也不利于整个社会的协调发展。农村税费改革后因乡村两级组织收入的减少，更导致了农村公共产品供给缺乏保障。因此，要确保农村公共产品的供给不断增长，必须进行供给制度的改革。在投资主体上实行多元化，国家与地方承担起属于各自农村公共产品的供给职能。按照“谁引进，谁收费；谁投资，谁受益”原则，大力开展农村公共产品的建设。
4、借鉴国际经验，进一步深化税费改革。结合我国实际国情，借鉴国际经验，我国税费改革的发展前景是，在目前去掉“三提五统”及各种收费、集资和基金，实行以农业税及其附加和“一事一议”筹资筹劳为基本制度的基础上，随着国家财力的增强及转移支付制度的规范和完善，逐步减少以至取消那些不应当由农民负担的税费；而后经过很长时期的发展，当农业产值占GDP的比重至少下降到5%以下，农业基本实现现代化时，农业将会和其他部门一样，实行统一的税制。