从广义上讲，农业税制包括四大税种：农业税、农业特产税、耕地占用税和契税（即通常所说“农业四税”），其中，农业税和农业特产税是农业税制的主体税种。虽然上述四税的税种性质不同，但它们在增加地方财政收入、调节农业和农村经济发展、保护耕地资源及促进土地合理利用等方面都发挥过积极作用。然而，农业税制本身存在先天不足，而且，随着我国宏观经济环境和农村经济形势的变化，现行农业税制的一些新的弊端日益显现出来，值得人们深思。
一、现行农业税制存在的问题
（一）农业税纳税主体错位
1958年通过的《中华人民共和国农业税条例》（以下简称《条例》）明确指出：“从事农业生产、有农业收入的单位和个人，都是农业税的纳税人，应当按照本条例的规定缴纳农业税。”从《条例》的规定可以看出，农业税以农业收益为课税对象，其最初是作为收益所得税课征的。但农业收益源于土地，况且，农业税的计税依据是土地面积和常年产量，从这一角度讲，农业税实质上是一种农业土地税。马克思当年在批判法国资产政治活动家日拉丹关于土地税的论点时指出：“土地税按规定本来只应该由土地所有者负担，而不是由土地承租人或佃户负担。”按照这一理论，我国现行农业税存在纳税主体错位的问题。当年，我国农村基本经营制度实行“家庭承包经营为基础、统分结合”的双层经营体制。（中华人民共和国土地管理法》第八条规定：“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有以外，属于农民集体所有；宅基地、自留山，属于农民集体所有。”同时，该法第十条规定：“农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或村民委员会经营、管理。”而新颁布的《中华人民共和国农村土地承包法》第三条规定：“国家实行农村土地承包经营制度。农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。”从相关法律的界定和规定看，农户仅仅拥有农村土地的承包经营权，而土地所有权归农村集体所有。因此，从理论上讲，农户、集体与国家的利益分析模式应为：也就是说，在家庭承包经营制度下，农户与集体签定土地承包经营合同，并通过交纳承包费与集体发生经济关系；国家则以社会管理者的身份，凭借政治权力向农村集体征税。而现实的运作模式却是：集体与国家的税收关系变成了若干分散的农户与国家的税收关系，显然有失科学性。事实上，土地承包费与农业税有着质的区别：对于前者，其实质是地租，即土地所有权在经济上的实现形式，其依据是土地所有权，反映的是一种经济关系；而后者可视为农民享受国家提供制度内公共品所必须支付的价格，其依据是国家政权，它反映的是一种权利义务关系。因此，现行农业税的征管模式不合逻辑，缺乏理论支持。有人指出，纳税主体不论是农户还是农村集体，农业税最终还是由农民负担，即农民是农业税的负税人，因而，哪一方作为纳税主体不过是个形式问题。笔者对此不敢苟同，理由有二：其一，从哲学的角度讲，实践需要科学理论指导，理论与实践的统一是唯物主义认识论和实践论的基本要求，因此，农业税的纳税主体错位问题应当得到校正；其二，从税收成本的角度看，由农村集体作为纳税人更具有优越性。根据税收的制度效率原则，一个税种的开征不仅要使征税简便易行，还要使税收征收机关在征税过程中所发生的费用尽可能少。我国农村居民数量众多、居住分散、流动性强，并且征收机关存在人员数量不足、素质不高、征税手段落后等问题，若由征收机关直接面向大量分散的农户征税，势必引起效率低下，加大税收成本。
（二）农业税税种性质不明
按照课税对象的性质来分，我国现行税收可分为所得税、财产税、行为目的税、流转税和资源税。从严格意义上讲，农业税不属于上述任何一个税类，因为农业税的课税依据是农业总收益，并没有对农业生产经营的物化劳动和活动进行任何扣除。因而，把农业税归为财政部门界定的收益所得税类是不规范的。同时，农业税也不属于流转税类，原因在于它并不是仅对农民出售的那部分农副产品课税。此外，就农业税“一定几年不变”而言，它在一定程度上又具有资源税类的某些特征。总的来说，农业税的税种性质很难界定，税种设置本身缺乏科学性。
（三）农业特产税的开征易导致农业资源的低效配置
农业特产税的产生有其特定的历史背景，它是在我国二十世纪八十年代为了调整农业内部种植结构，保护农民种植积极性，防止农业资源过多地投入到农业特产品生产而开征的。1983年11月12日国务院发布的（国务院关于对农林特产收入征收农业税的若干规定》是开征农业特产税的法律依据。为了合理调节农、林、牧、渔各业生产投入，公平税负，促进农业生产全面发展，1994年1月31日，国务院第143号令又发布了《国务院关于对农业特产收入征收农业税的规定》，同时废止了《国务院关于对农林特产收入征收农业税的若干规定》和国务院关于对农林牧水产品征税的有关规定。但时至今日，我国农业和农村经济发展已步入一个新的发展阶段，农产品供给开始出现区域性、结构性过剩，农业增产不增收，农业结构调整成为新时期农业发展和农民增收的必然要求。而农业特产税因其税率较高，变相地提高了农业特产品的生产成本，在一定程度上抑制了农业特产品的生产，延缓了农业结构调整进程。
（四）耕地占用税的调节职能弱化
耕地占用税是占用耕地建房或从事其它非农业建设的单位和个人，按其占用的耕地面积征收的一种税。国务院于1987年4月发布并同时实施了《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》，这是开征耕地占用税的法律依据。从近十几年耕地占用税的开征情况来看，它一方面限制了滥占滥用耕地，有效地保护了耕地资源，另一方面也提供了部分财政收入，为大规模农业综合开发提供了必要资金来源。但随着经济的发展，耕地占用税的原始功能趋于弱化，主要表现为：1．地占用税的实际税率偏低，不利于有效保护耕地资源。2．耕地占用税的课税范围过窄。从对耕地占用税的界定来看，它仅限于对占用耕地建房或从事非农产业的单位和个人征税。而对占用耕地以外的其它农用地的单位和个人却没有限制，这一方面减少了部分财政收入，另一方面不利于对其它农用地的合法保护。
二、农业税制的未来走向
当前，对于农业税制改革问题，学术界众说纷纭，特别是对于农业税和农业特产税的改革，观点更是难以统一。农业税制的改革应与经济的不同发展阶段相适应，对此，笔者提出以下设想。
（一）遵照“循序渐进”原则，改革农业税
从长期来看，取消农业税是农村经济发展和财税体制改革的必然要求。但是，农业税作为一个单独的税种列征虽与国际惯例不符，却与我国特定的生产力发展阶段相适应，与其它税种相比，它更便于计量和征管。因此，我们必须辩证地看待其存在的必要性和合理性。然而，农业税也并不是一成不变的，它同样应处于动态的发展变化中。笔者认为，农业税的改革应遵照“循序渐进”的原则，采取“三步走”战略。
1．在现行农业税制的基础上，进一步完善农业税的计量和征管。计税面积要以第二轮土地承包面积为基准，实行土地的动态管理，防止“有地无税”和“有税无地”现象的发生。同时，计税常产要与土地等级挂钩，实现土地的公平负担。在征管方面，如前所述，农业税的纳税主体存在的错位问题，考虑到农业税征管的科学性和可行性，应本着“不加重农户负担”的原则，将农业税的纳税主体由农户改为村集体经济组织，同时建议将农业税的征收管理权限划归税务部门，实现税款征收和使用的彻底分离。
2．当经济发展到一定阶段，乡镇财政对农业税的依赖程度大大弱化时，适时取消农业税，开征农业所得税。在确定农业税所得税的应纳税所得额时，必须对农业总收益进行物化劳动（包括种子、化肥、农药等）和活劳动的扣除。扣减额的大小，可以“村”为单位，结合该地生产要素的平均投入水平而定，切不可搞“一刀切”。有人提出，农业投入要素成本包含劳动者的报酬，若扣除该项，农业极可能出现负收益，进而农业所得税就无从谈起。事实上，问题并没有想象得那么严重。农业生产与工业生产有很大不同，前者有其自身的特点，即生产时间和劳动时间具有不一致性，这就意味着农业劳动时间具有较强的季节性和阶段性。在通常情况下，农业生产者参与农业劳动的时间并不多，而报酬又与劳动时间挂钩，一般来说，农业劳动者的报酬不会很高，农业纯收益不会出现负值。各地物化劳动和活劳动的扣除应统一口径，农业生产者日工资的标准可以各地乡村企业的平均工资水平作为影子价格进行估计。通过对不同国家及地区农业税收制度的考察，我们不难发现，世界各国一般都对农业所得征收所得税，并且大都多对农业所得额作必要扣除。不过在发达国家，一般是将农业所得归在综合所得之内征收统一的所得税。而在发展中国家，如印度，一般是对农作物的总收获金额（按平均价格）减去农业生产者负担的各项费用后的金额征收农业所得税。 农业所得税取代农业税后，乡镇财政收入会有较大幅度的下降，由此而引起的财政收支缺口可通过政府的转移支付弥补。应当说，这是具有较大可行性的。在农村税费改革前，全国农业税收入300亿元，一般占全国财政收入的2％，农村税费改革后，全国农业税收入500亿元，占全国财政收入的也不过3％。在将来一定时期，农业税收入占财政收入的比重会更小，而到时我国工业化程度会达到一个较高水平，完全有能力反哺农业。
3．当农村商品化程度和农村城市化水平相当高（至少达到60％）时，在农村全面建立现代复合税制。基本思路是将农户的农业所得纳入综合所得之内征收个人所得税，扩大增值税征收范围，对农业生产、经营活动中的增值部分课征增值税，同时对以下农产品征收消费税：一是以其为原料的产品对人类健康有害的消费品如烟叶；二是贵重或非生活必需品如海参、鲍鱼等；三是各地需特殊调节的消费品。按照国际惯例，中国农业税的改革方向也应该并入全国统一的流转和所得税制中。
（二）取消农业特产税，将其并入农业税
适应当前农村经济结构战略性调整的要求，凡在农业税计税土地和非农业税计税土地上种植农业特产品的，一律征收农业税。为避免乡镇财政收入在一定时期内过度减少而影响乡镇组织正常运转，应适当提高农业税税率（当然应有一个最高限制）。这就要求对现行农业税条例进行修正，适当扩大基层政府对农业税的自主权，以便根据经济发展的需要进行调整。
（三）开征农用地占用税，并以此取代耕地占用税
前面提出，随着经济和社会的不断发展，土地的价值日益攀升，耕地占用税因其课税范围过窄，实际税率相对偏低，对土地的调节和管理职能趋于弱化，特别是对耕地以外的其它农用地的保护力度明显不足。为此，笔者建议适时开征农用地占用税，以此取代耕地占用税，对占用农用地建房或从事其它非农产业的单位和个人，按照规定税额一次性征收。参考原耕地占用税的税率，本着“有利于保护农用地，促进农村可持续发展”的原则，科学制定农用地占用税的税率。一农用地占用税税率应实行分类分级定额税率，对耕地和其它农用地实行区别对待。应当指出，农用地占用税应全部归地方财政所有，主要用于农业用地综合开发。
