20世纪80年代以来，随着村民自治制度建设的进一步深化，村党组织对村民自治工作的领导方式问题凸现出来。在村党组织中不同程度存在着权力合法性不强、大权独揽、缺少监督、软弱无力和与村民自治组织相互争权等问题，无法真正实现党组织对村民自治工作的科学领导，严重影响了村民自治制度的完善。加快改进和完善村党组织对村民自治工作的领导方式和方法，关系到农村社会稳定和农村政治发展。
一
在村级组织中，村党组织和村民委员会是最重要的正式组织。依照有关法律规定，村党组织是村级组织的领导核心，村委会依法开展自治活动，有权讨论和决定村中事务。这种制度设计，一方面是维护党在农村的领导地位，另一方面是提高农村社会的自主性。在实际运行中，村党组织的领导方式和领导方法存在许多问题，影响了农村的有效治理。
第一，村党组织合法性不强，权威不够。从理论上讲，权力的合法性和组织权威的形成来自于选民的认同。村党组织的领导权威多来自于历史传统、上级的授权和法律制度的规定，具备国家的强制权力。一般情况下，村党组织的产生缺乏群众基础，村党组织一班人多是由乡镇党委精心挑选和配备的，村党员大会对乡镇党委提名的人选通过选举加以确认。村党组织的工作更多体现了乡镇的意志，有时同村民的利益发生冲突，加之党内腐败现象的存在和一些党员干部脱离群众、工作简单精暴等，使村党组织在村民中的认同程度不高，难以获得利益权力和认同权力。与此相比，村民自治组织的领导权威主要来自于群众的自下而上的授权，因而它不仅拥有国家的法律权威，而且拥有群众的认同并代表群众的利益。所以，从长远看，经村民民主选举的村民自治组织更具有权威性，这就给党在农村的领导带来了严重的挑战。
第二，大多数村庄，村党组织权力过分集中，村民自治功能萎缩。村党组织事无巨细地包办替代村委会和其他自治组织的工作，村民自治组织实际上成为村党组织决策的执行机构。村党组织系统较为健全，长期的历史已形成了权威能量资源，村中大事均集中于村党组织讨论，或者由村党组织与村委会的联席会议进行讨论。由于村委会主要成员兼任村党组织的成员，使村党组织的意志成为村委会的行动指南，村委会的自治功能无法实现。这样的村占我国农村的一半以上。
第三，村党组织书记大权独揽，党的领导变成了个人领导。从村级领导权力配置看，大多数村形成了村党组织书记是“一把手”，村委会主任是“二把手”的事实，致使村委会失去了《中华人民共和国村民委员会组织法》规范的权力标准，难以发挥作用。从村干部的社会影响力看，在乡镇行政眼里，村党组织的地位远远高于村委会，乡镇党委在工作布置和行为定位上，有意识将村党组织书记看成“一把手”。在老百姓的眼里，只有村党组织书记说话才是算数的。在调查中，一位村党组织书记说过：“我在村子里说话绝对算数，没有我的签字，别人一分钱也拿不出来。”从村干部权力的变迁看，村党组织书记多由村委会主任升迁而来。据一位学者对黑龙江省肇东市昌五镇的调查，在全镇18个行政村的党支部书记中，任职前任村委会主任的有10人，村委会主任多由民兵连长或村民小组长升迁而来。这一升迁图表明，村党组织书记处于权力金字塔的顶峰。
第四，有的村，党组织和自治组织之间意见不能统一，相互争权。村支部书记和村委会主任都认为自己是“一把手”，在工作中互不买帐、互不配合。例如黑龙江省某乡原有16个村，有10个村的班子不团结，有8个村的村委会主任与村支书矛盾突出，达到公开对立的程度。
第五，村党组织工作不利或不健全，形成了“软弱涣散村”。在个别村，村党组织力量薄弱，党的路线、方针、政策不能及时传达，村里的权势力量过分强调本村利益，不完成国家任务，村中的公共事务和公益事业无人过问， 干群关系紧张，社会秩序混乱，歪风邪气盛行。
二
村党组织对村民自治工作的领导方式和方法主要表现在，在村民自治条件下，村党组织如何获取权力、运作权力和制约权力。从实际情况看，这三个环节都存在不同程度的问题，其深层次的原因在于：
第一，现行政治体制存在弊端。我国现行政治体制权力过分集中，在乡村表现为压力型体制。乡村党组织干部以上级任命为主，群众考核为辅；对上负责为主，对下负责为辅。乡镇党组织为了完成上级任务，彰显政绩，不得不倚重村支部，因为村民自治组织是民选的。这样村支部和支部书记往往得到上级更多的支持，拥有更多的上级授权。
第二，党内民主政治建设滞后，一个没有健全民主制度的党，不可能以民主的方式和作风领导国家和社会。十六大报告指出，党内民主是党和生命，对人民民主具有重要的示范和带动作用。在农村，普遍存在着党支部书记大权独揽的现象，党员的作用发挥不够，党员对党内事务的了解和参与极少，党员的民主权利得不到应有的保障。另外，农村党支部与党员大会关系不正常。党支部要由党员大会或党员代表大会产生并对其负责。但在实际工作中，村党支部起的作用更大一些。还有，村党组织干部选拔大部分采用上级的任命制和等额选举制度，群众对干部选拔任用的知情权、参与权、选择权和监督权得不到落实。总之，党的民主集中制原则得不到贯彻，集体领导难以实现。
第三，部分党员干部领导能力欠缺，民主作风不够。在长期的计划经济条件下，乡村形成了行政命令式管理方式。一些党组织领导习惯于发号施令，以权代法，以权压法，对市场经济条件下的依法行政不习惯、不理解，甚至学不会。部分党员民主法律素质低下，对村民自治有抵触情绪。
第四，个别党组织软弱无力，村民自治领导缺位。形成这种状况的原因很复杂，一是村党组织对上级组织惟命是从，难以获得村民的信任。二是村党支部书记的工作积极性不高。在村民自治运作过程中，当村党支部和村民委员会发生冲突时，乡镇行政只能调换村支部书记，影响了村支书协助乡镇工作的积极性。三是一些村的党员年龄老化、文化程度较低。在少数地区，村党组织为维护其地位，不愿发展新党员。据调查，某村27年没有发展一名党员。有的党支部成员文化程度较低，甚至处于文盲和半文盲状态，这种文化素质和年龄状况与村党组织承担的功能极不相称。
第五，现行法律制度不完善。党的十五届四中全会通过的《中共中央关于农业和农村若干重大问题的规定》中强调，扩大农村基层民主，要在党的统一领导下，有步骤、有秩序地进行，充分发挥乡（镇）基层党组织的领导核心作用。党的十六大报告进一步强调，完善村民自治，健全村党组织领导的充满活力的村民自治机制。但是《中华人民共和国村民委员会组织》中，村党组织对本村经济建设和社会发展中的重大问题拥有决定权，村自治组织亦有权讨论和决定村中事务，这样，村中就存在两个对村中事务拥有决定权的组织。虽然从成文制度规定上看，党组织主要是决定重要问题，村自治组织主要是对村中涉及村民利益的问题和具体问题做出决策，但这一规定存在两个矛盾，一是村中重要问题与涉及村利益的问题互相交叉，一是由于乡村是行政区划的最低层，村中事务非常琐碎和具体，难以区分重要问题和具体问题，所以，引起了党组织和村民自治组织相互争权的现象，甚至出现冲突。
三
针对党的领导方式和方法，十六大报告指出，党的领导主要是政治、思想和组织领导，通过制定大政方针，提出立法建议，推荐重要干部，进行思想宣传，发挥党组织和党员的作用，坚持依法行政，实施党对国家和社会的领导。党委在同级各种组织中发挥领导核心作用，集中精力抓好大事，支持各方独立负责、步调一致地开展工作。要根据这一思想，认真加强和改善村党组织领导村民自治工作的方式和方法，建立村党组织以民主的方式依法领导村民自治工作模式，实现党的领导和社会民主两大目标的双赢。
第一，必须进一步明确但对农村的领导不能动摇。村民自治机制完善的过程就是对农民进行广泛动员的过程，农民的利益意识和权利意识不断加强，如果失去强有力的政党的领导，就可能使调动农民积极性以推进现代化的努力变成现代化本身的障碍。在我国，加强对乡村的控制、提高政治的制度化水平的一个现成的强有力的资源就是党的领导。加强村级党组织的权威地位是既有合法性又能节约组织成本的理想选择。
第二，从成文制度上合理划分党组织和村民自治组织的职责权限。村党组织要真正成为村级组织的政治领导核心，就必须将主要精力用在贯彻党的路线、方针和实现党的意图上，通过党组织的活动和党员的模范作用实现党的领导地位，支持村民自治组织独立负责地开展活动。可以通过制度规定明确党支部和村民自治组织的权限范围，建立相应的组织机制实现二者的分工与协作。如通过村党支部就村务大事先在党员中讨论，然后将讨论后形成的方向性的意见提交村民代表会议讨论决策，利用党支部在村民代表会议中的决定性的作用实现党的意志向村民意志的转化。
第三，提高村党支部的权威。一是村党支部成员积极地投入到村委会民主选举中去，实现村党支部成员和村委会成员的兼职，成功的贯彻党组织的意图。二是通过民主选举涌现的优秀人才积极要求加入党组织，为党组织输送了新鲜血液，扩大了党的队伍，提高了党组织的战斗力。1995年4月17日，英国《卫报》发表一篇题为《中国农村民主产生新的村主任》的文章写到，在整个中国正在发生这样的现象，在被选为村主任以后，非党员便很快被吸收为党员。三是鉴于村党支部在村级公共事务中的支配地位，在村党支部成员的产生上实行“两票制”之后，提高了村党支部的威信。
第四，将村党支部和村民委员会的关系纳入法制化轨道。例如山东章丘“依法制村，民主管理”的实践。通过制定《村民自治章程》将既反映党的意图又体现村民意志的法律融为一体，并且树立章程的最高地位，以章程来调整村党组织和村民自治组织的关系，从而实现党的领导、人民意愿和依法办事的统一，真正改变目前绝大多数村党支部书记一人说了算，“人治”色彩很浓的村级权力运行方式。
第五，完善村党支部民主。十六大报告提出，党内民主是党的生命，对人民民主具有重要的示范和带动作用。一是要以保障党员民主权利为基础。加强党员对党内事务的了解和参与，充分听取他们的意见。发挥党员的作用。必须提高党员的素质。很多乡村党员的民主法律素质较差，存在着严重的为民做主、代民做主、以权压法、以政策代法的现象。可以采取办培训班、定期学习和考核等形式提高党的综合素质。二是以完善党员大会制度为重点，推进党内民主。完善党内民主的关键在于健全民主集中制，尤其是党的集体领导制度。按照集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定的原则，进一步完善党支部内部的议事和决策机制。凡属重大问题，都必须集体决定，不允许个人说了算。党组织在对重大问题进行表决时，要以多数票作出决定，任何人无权改变。党组织的领导人与党组织成员是平等关系，不是领导与被领导关系。在决定问题时领导人只有一票的权利。个人允许保留意见，但必须无条件执行党的决议。同时，要按照民主集中制的原则正确处理好党支部与党员大会的关系。党支部要由党员大会或党员代表大会产生并对其负责。但在实际工作中，党支部起的作用更大一些。所以，要进一步加强党员大会或党员代表大会的作用，适当增加会议的次数。
第六，回忆政治体制改革步伐，优化政治环境。村党组织的领导方式与国家整体政治环境息息相关，如果国家政治体制中存在的权力过分集中，党政不分、以党代政等问题得不到彻底解决，村党组织对村民自治工作的领导方式也难以改善。因此，要积极稳妥地推进政治体制改革，建设社会主义政治文明。当务之急是拿出政治勇气和决心，从实行乡镇长直选、实现乡镇人大法定权力作为起点，改变乡乡村压力型政治机制，在农村建立起民主法理型的政治体制。
