蛋白质工程是第二代的基因工程，蛋白质工程的目的是通过分子设计，有目的地改造蛋白质，提高蛋白质的热稳定性，改变活性中心基团的PKA，改变酶的专一性，改变酶和配基的结合能力，改变酶的活化自由能，提高酶的反尖速率，期望创造出比天然的蛋白质更好的蛋白质，甚至可以从头设计指定空间结构的全新蛋白质。为了达到上述目的，要求人们深入了解蛋白质的结构原理、动力学规律，以及结构与功能的关系，该项目主要开展了与蛋白质分子设计有关的基础理论和方法学研究。在晶体环境下的分子动力学模拟；随机动力学模拟；自由能计算；蛋白质及周围溶剂的静电相互作用；溶液和酶环境下的反应机理研究等方面做出了具有国际先进水平的工作，并在许多方面有所创新。有关论文在国际上被专题评论， 123篇论文被引用135次，除去自引，论文被国际同行引用100多次，包括被国际上重要年评和综述性文章引用。该项研究是应用基础性研究，有很强的应用前景。研究的方法可为蛋白质分子设计及药物分子设计所借鉴，研究的软件可被进一步开发。